頭部可分為顱腦（Brain）和其他器官。頭部是磁力共振最主要的適應症，是四大適應症之一。各種無名頭暈，頭痛等首先考慮進行磁力共振。常見腦部疾病有：腦腫瘤(膠質瘤、腦膜瘤、血管瘤、轉移瘤等)、腦血腫、多發性硬化、腦缺血、先天性顱腦發育異常（包括各種原因導致的顱腦畸形），腦積水，腦萎縮，卒中及腦缺氧、腦梗塞和腦出血、囊腫、顱腦外傷、顱內感染和其他炎性病變、腦白質病等。頭部其他器官比如五官中的鼻（Nose），眼（Eye），內耳（Inner Ear）也屬於磁力共振的重要適應症。頭部的神經例如三叉神經（Trigeminal Nerve）、視神經（Optic Nerve），聽神經（Auditory Nerve）等各類神經方面的病變，磁力共振也可清晰顯示

脊柱是磁力共振四大適應症之一，包括脊椎，椎間盤，脊髓，椎管等部位。脊椎又分為頸椎、胸椎、腰椎、骶椎。頸疼或腰疼首選磁力共振。磁力共振的三維定位能清晰顯示椎體與周圍軟組織（椎間盤，神經）的關係（膨出/突出/壓迫）。另外脊髓，腦脊液，椎管內腫瘤、脊髓空洞症和脊髓積水也均清晰顯示。

關節是磁力共振四大適應症之一，包括肩（ShoulderJoint）、肘（Elbow）、腕（Wrist）、髖（HipJoint）、膝（Knee）、踝（Ankle）、顳下頜關節（TMJ：TemporoMandibular Joint）等各種關節。關節解剖結構比較複雜，常規的體位和解剖斷面不能較好的顯示其結構。但MRI三維成像序列及後處理重建技術可清晰顯示軟骨、關節囊、關節液及關節韌帶，磁力共振對關節炎症，關節積液等非常敏感，尤其關節軟骨、韌帶等損傷性病變能提供重要的診斷依據，並能比其它影像方法更早地對早期關節軟骨變化與壞死作出診斷。MRI在顯示骨折的同時還能顯示周圍軟組織的損傷程度，並能有效評估骨間膜損傷水平。一般情況下，肌肉拉傷也應該首選MRI檢查。

實質性臟器是磁力共振四大適應症之一，但彩超（US：Ultra-Sound）有明顯價格優勢，兩者臨床應用優勢各不相同。實質性臟器包括肝（Liver）、胰腺（Pancreas）、脾臟（Spleen）、腎臟（Kidney）、垂體（Pituitary gland）、松果體（Pineal）、甲狀腺（Thyroid）、甲狀旁腺（Parathyroid）、胸腺（Thymus）、腎上腺（Andrenal gland）、前列腺（Prostate）、睾丸（Testicles）、乳腺（Breast女）、卵巢（Ovary）、子宮（Uterus，特例/空腔臟器）。MRI能清晰顯示實質性臟器中病灶形態及內部結構，對占位性病變可做出比較明確的定位定性（增生/癌變）診斷，對良惡性病變的鑑別診斷優勢明顯。

1.肺（Lung）：以CT檢查為首選，MRI可以輔助檢查肺炎、肺積水、肺結節、腫瘤，占位性病變等。2.空腔臟器（Hollow Organs）包括、氣管（Trachea）、支氣管（Bronchi）、咽喉（Throat）、食道（Esophagus）、胃（Stomach）、腸（Bowel）、肛門（Anus）、膀胱（Bladder）、輸尿管（Ureters）等，以相對應的鏡類檢查為首選，不適合進行磁力共振，除非發生癌症轉移或者肛瘺等特殊情況。3.心臟（Heart）一般也不適合做磁力共振，超聲心動圖和數字減影血管造影（DSA：Digital Subtraction Angiography）更適合心臟檢查，但磁力共振可對心肌肥厚、心包病變，尤其在先天性心臟病的診斷中起着非常重要作用。

磁力共振類PET成像：源於日本，是磁力共振最前沿的技術之一。它使用彌散加權成像技術，一次性全身大範圍掃描，在抑制肌肉，脂肪等組織背景信號的基礎上，突出顯示病變，從而大幅提高病變組織尤其是惡性腫瘤及其轉移灶的檢出率。其成像效果和臨床意義與PET成像有相似的效果，故由此得名。如圖所示，兩者顯示的病灶可以完全一一對應，但相比較於PET成像，磁力共振類PET成像不需要給病人注射核素，沒有核輻射和X射線輻射，更加安全，更加健康，價格也大幅下降。